Sposób działania będzie różnił się w zależności od tego czy KSef będzie niedostępny, przez co rozumieć należy sytuację, w której minister właściwy do spraw finansów publicznych zamieści w Biuletynie Informacji Publicznej na stronie podmiotowej urzędu obsługującego ministra informację dotyczącą okresu trwania niedostępności Krajowego Systemu e-Faktur, czy też nastąpi awaria systemu.
W tym pierwszym przypadku, po myśli art. 106nh ust. 1 ustawy o VAT, podatnik będzie miał obowiązek wystawienia faktury w postaci elektronicznej zgodnie ze wzorem udostępnionym, a następnie będzie musiał ją przesłać do Krajowego Systemu e-Faktur w celu przydzielenia numeru identyfikującego fakturę w Krajowym Systemie e-Faktur, nie później niż w następnym dniu roboczym po dniu zakończenia okresu trwania niedostępności Krajowego Systemu e-Faktur.
Jeżeli natomiast nastąpi awaria Krajowego Systemu e-Faktur podatnik będzie musiał przesłać fakturę do KSeF w terminie 7 dni roboczych od dnia zakończenia awarii wskazanego w komunikacie o zakończeniu tej awarii (art. 106nf ust. 4 ustawy o VAT).
