Zasady określające kto i na jakich zasadach może dokonać wyceny nieruchomości zostały określone GospNierU oraz w WycenaNierR. Ustawa o gospodarce nieruchomościami jasno wskazuje w art. 240 ust. 2, że rzeczoznawca majątkowy w zakresie wyceny nieruchomości ma status biegłego.  Tym niemniej wiele kontrowersji budzi możliwość dokonywania oceny sporządzonego operatu szacunkowego przez organy administracji oraz inne podmioty mające interes w ustaleniu wartości nieruchomości. Ma to zasadnicze znaczenie w odniesieniu do nieruchomości wywłaszczanych oraz tych, które są w użytkowaniu wieczystym w związku z aktualizacja opłaty rocznej.  

W tym zakresie wypowiedział się Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku z 19.10.2021 r., I OSK 578/21. Stwierdził on, że opinię o wartości nieruchomości sporządzają rzeczoznawcy majątkowi. Sporządzenie takiej opinii wymaga wiadomości specjalnych (art. 149 GospNierU). Operat szacunkowy stanowi sformalizowaną prawnie opinię rzeczoznawcy majątkowego wydawaną w oparciu o posiadane przez niego wiadomości specjalne z zakresu szacowania nieruchomości. Jest przy tym dowodem w sprawie i podlega ocenie, tak jak każdy inny dowód, stosownie do art. 77 § 1 i art. 80 KPA. Jednak ani Sąd, ani organ prowadzący postępowanie nie może wkraczać w merytoryczną zasadność opinii rzeczoznawcy majątkowego, ponieważ nie dysponuje wiadomościami specjalnymi, które posiada biegły. Konieczna jest natomiast w toku tych postępowań ocena operatu szacunkowego pod względem formalnym, polegająca na zbadaniu, czy został on sporządzony przez uprawnioną osobę, czy jego treść zawiera wymagane przepisami prawa elementy, czy nie zawiera oczywistych wad czy niejasności, pomyłek, braków, które powinny być poprawione, sprostowane lub uzupełnione, tak aby dokument ten miał wartość dowodową. 

Ocena operatu szacunkowego przez organ administracji jest więc możliwa do granic wiedzy specjalistycznej, jaką posiada organ (pracownicy aparatu administracyjnego) w zakresie metodologii szacowania nieruchomości. O wyborze podejścia, metody i techniki szacowania nieruchomości decyduje rzeczoznawca majątkowy zgodnie z art. 154 ust. 1 GospNierU. Tylko rzeczoznawca decyduje również o doborze nieruchomości, które uznaje za podobne do nieruchomości będącej przedmiotem wyceny i które przyjmuje do porównania. Ingerencja organu w tę sferę polega tylko na ocenie operatu, gdyż podmiotem umocowanym do jego sporządzenia jest jedynie biegły. W przypadku niestwierdzenia naruszenia procedury sporządzenia operatu i stwierdzeniu, że jego ustalenia są spójne, logiczne i kompletne, organ nie ma podstaw do zakwestionowania ustaleń zawartych w operacie szacunkowym.