W wielu przypadkach jako właściwy miejscowo został uznany organ celny siedziby lub miejsca zamieszkania wnioskodawcy. Jednak w postępowaniach w sprawach wszczętych i niezakończonych przed dniem wejścia w życie niniejszego rozporządzenia są prowadzone przez organy celne właściwe zgodnie z przepisami dotychczasowymi, tj. rozporządzeniem MF z 23.4.2004 r. w sprawie właściwości miejscowej organów celnych (Dz.U. z 2013 r., poz. 192).