Ustawa z 27.8.2009 r. o Służbie Celnej (t.j. Dz.U. z 2013 r. poz. 1404 ze zm.) zostanie przede wszystkim zmieniona w takim zakresie, w jakim obecnie wpływa niekorzystnie na prowadzenie działalności gospodarczej. Chodzi tu głównie o skomplikowane pod względem merytorycznym i proceduralnym przepisy dotyczące audytu oraz długotrwałe dokonywanie kontroli granicznej niektórych towarów. Aby zapobiec tego typu zjawiskom uproszczone mają zostać procedury audytowe poprzez wprowadzenie instytucji polegającej na monitorowaniu posiadaczy zezwoleń wydanych w postępowaniu audytowym.

Z kolei procedury kontrolne powinny ulec znacznemu skróceniu dzięki przekazaniu służbom celnym niektórych zadań kontroli należących do właściwości innych organów podległych ministrowi właściwemu do spraw rolnictwa. Ponadto projekt zakłada scentralizowanie poboru ceł i podatków poprzez wprowadzenie jednego okienka rozliczeniowego dla przedsiębiorców. Wpłaty będą dokonywane na konto jednej izby celnej, a jednocześnie obsługa przedsiębiorcy będzie przeprowadzona kompleksowo, co niewątpliwie przyczyni się do ograniczenia nieprawidłowości i pomyłek.

Druga ważna zmiana dotyczy nierówności w zakresie uposażeń funkcjonariuszy celnych w okresie ich nieobecności na służbie spowodowanej chorobą. Obecnie dla pozostałych grup służb mundurowych zmiany te zostały już wprowadzone i są obowiązujące. Po wejściu w życie nowej regulacji, funkcjonariusze celni w razie absencji chorobowej będą otrzymywać – jak pozostałe służby – 80% uposażenia. Projektodawca nowelizacji, czyli Minister Finansów oszacował, że po wejściu w życie tej regulacji, liczba zwolnień lekarskich przedkładanych przez funkcjonariuszy zmniejszy się o ok. 50%. To pozwoli zaoszczędzić ok. 5 mln zł. rocznie, które mogą zostać wykorzystane na pokrycie kosztów zwiększenia składki emerytalnej oraz w większej części na fundusz nagród i na nagrody dla funkcjonariuszy.

Projekt zakłada również zmiany, które zostały przygotowane w celu przeciwdziałania korupcji i nepotyzmowi w Służbie Celnej. Istotne jest wprowadzenie możliwości badań psychofizjologicznych, którym mają być poddawani funkcjonariusze celni pełniący służbę w oddziałach celnych granicznych albo przewidzianych do pełnienia takiej służby na szczególnie wrażliwych stanowiskach. Badania te będą finansowane ze środków posiadanych przez służby celne, zatem regulacja ta nie spowoduje dodatkowych kosztów dla budżetu.

Aby zapewnić możliwość bardziej elastycznego sposobu zarządzania w Służbie Celnej, projektodawca przewidział wprowadzenie możliwości przenoszenia kierowników jednostek organizacyjnych bez potrzeby przeprowadzania postępowania kwalifikacyjnego. Ponadto, ułatwione mają zostać zasady delegowania funkcjonariuszy do pełnienia służby w instytucjach UE. Warto jednak zauważyć, że koszt oddelegowania jednego funkcjonariusza do Służby Celnej szacowany jest na ok. 20 tys. zł, przy czym w budżecie tej służby zarezerwowane są środki na ten cel.

Zasadniczy cel zmian wprowadzanych do ustawy z 21.6.1996 r. o urzędach skarbowych i izbach skarbowych (t.j. Dz.U. z 2004 r. Nr 121, poz. 1267 ze zm.), zmierza do wzmocnienia organizacyjnego administracji podatkowej. Główne założenie projektu polega na tzw. konsolidacji na poziomie województwa procesów pomocniczych dokonywanych w urzędach i izbach skarbowych. Konsolidacja będzie polegała na przekształceniu izby skarbowej oraz podległych jej urzędów skarbowych na terenie województwa w jedną jednostkę budżetową, która będzie stanowiła jeden urząd. Zadania kierownika będzie wykonywał dyrektor izby skarbowej, a pracodawcą osób zatrudnionych w urzędzie będzie izba skarbowa. Pracownicy urzędów skarbowych z mocy ustawy staną się pracownikami izb skarbowych. Podkreślić jednak należy, iż zmiany te nie likwidują instytucji naczelnika urzędu skarbowego – będą oni jak dotychczas organami podatkowymi I instancji i organami egzekucyjnymi, a swoje zadania będą dalej wykonywać przy pomocy podległych mu komórek merytorycznych. Dyrektor izby skarbowej jako kierownik jednostki budżetowej przejmie majątek i zobowiązania od naczelników urzędów skarbowych i będzie ponosił on odpowiedzialność za prawidłowe funkcjonowanie tej jednostki.

Przewidziano, że projektowana ustawa wejdzie w życie 1 stycznia 2015 r., jednakże zmiany dotyczące administracji podatkowej powinny zostać uwzględnione w ustawie budżetowej, zatem wejdą w życie od 1 stycznia roku budżetowego, którego dotyczy projekt.