W obecnym stanie prawnym przepisy art. 80 ust. 3d i art. 90 ust. 3d ustawy z 7.9.1991 r. o systemie oświaty (t.j. Dz.U. z 2015 r. poz. 2156 ze zm., dalej OświatU) przewidują możliwości pokrycia z dotacji oświatowych wypłacanych przez jednostki samorządu terytorialnego m.in. wydatków bieżących dotyczących wynagrodzenia osoby fizycznej prowadzącej szkołę, przedszkole, inną formę wychowania przedszkolnego lub placówkę, jeżeli odpowiednio pełni funkcję dyrektora szkoły, przedszkola lub placówki albo prowadzi zajęcia w innej formie wychowania przedszkolnego. Wydatek ten można sfinansować z dotacji oświatowych od 1.1.2014 r.

Ta zmiana była podyktowana przede wszystkim rosnącą liczbą właścicieli przedszkoli, innych form wychowania przedszkolnego, a także szkół, którzy mając uprawnienia do nauczania w danym typie szkoły lub placówki nie tylko nią zarządzali, ale sami również prowadzili w niej zajęcia edukacyjne . Aby sfinansować powyższy wydatek z dotacji, niezbędne jestokreślenie w statucie zadań osoby fizycznej, która pełni odpowiednio funkcję dyrektora szkoły lub placówki oświatowej, a także faktyczne wykonanie tych czynności, które będzie miało odzwierciedlenie w dokumentach szkoły bądź placówki oświatowej. Nie bez znaczenia jest tutaj udokumentowanie powierzenia pełnienia danej funkcji, które może nastąpić w oparciu o przepisy art. 36 ust. 2 w zw. z art. 37 ust. 1 OświatU.

Pobór takiego wynagrodzenia powinien być udokumentowany nie tylko listą płac, ale również potwierdzony powinien być faktyczny wydatek z tytułu wynagrodzenia np. w formie przelewu, dowodu kasowego „KW”, bądź potwierdzony podpisem na liście płac. Jednocześnie zgodnie z utartą linią interpretacyjną organów skarbowych wynagrodzenie za pracę osób fizycznych prowadzących przedszkole, czy szkołę, oraz pełniących funkcję dyrektora tej placówki, stanowi przychód z pozarolniczej działalności gospodarczej zwolniony z opodatkowania na podstawie art. 21 ust. 1 pkt 129 ustawy z 26.7.1991 r. o podatku dochodowym od osób fizycznych (t.j. Dz.U. z 2012 r. poz. 361 ze zm.). Wynagrodzenie za pracę w niepublicznych szkołach nie stanowi w takiej sytuacji odrębnego (powtórnego) źródła przychodów (IPTPB1/415-368/13-4/AP). Powyższe stanowisko znalazło potwierdzenie w licznych indywidualnych interpretacjach podatkowych: Dyrektora Izby Skarbowej w Łodzi z 2.7.2014 r. (IPTPB1/415-231/14-2/AP); interpretacja Dyrektora Izby Skarbowej w Poznaniu z 11.6.2014 r. (ILPB1/415-353/14-2/TW); interpretacja Dyrektora Izby Skarbowej w Bydgoszczy z 3.6.2014 r. (ITPB1/415-272/14/AK); interpretacja Dyrektora Izby Skarbowej w Bydgoszczy z 10.4.2014 r. (ITPB1/415-106/14/AK).

Takie podejście prowadziło do tego, że wartość wynagrodzenia brutto była równa wartości wynagrodzenia netto. Z wynagrodzenia takiego nie przekazywano do urzędu skarbowego podatku dochodowego, ani nie naliczano składek ZUS. Projekt zmiany ustawy o systemie oświaty oraz niektórych ustaw przekazany przez MEN 17.3.2016 r. do konsultacji zakłada zmianę powyższych zasad.

Ważne
Powyższa propozycja (art. 3 projektu ustawy o zmianie ustawy o systemie oświaty oraz niektórych innych ustaw) zmianywyłącza z katalogu dochodów wolnych od podatku (wskazanego w art. 21 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych) t ą część dotacji oświatowej, która została wykorzystana na wynagrodzenie osoby fizycznej prowadzącej przedszkole, inną formę wychowania przedszkolnego, szkołę lub placówkę. Zgodnie z projektem powyższa zmiana ma wejść w życie 1.9.2016 r.