Zerowe raporty ZUS to nie jedyna konsekwencja przesunięcia terminu wypłaty na przyszły miesiąc. Pracownik, który złożył PIT-2 uprawniający pracodawcę do stosowania ulgi, uzyskuje prawo do zmniejszania zaliczki na podatek dochodowy za każdy miesiąc o kwotę stanowiącą 1/12 kwoty zmniejszającej podatek, określonej w pierwszym przedziale obowiązującej skali podatkowej.

Jeżeli natomiast pracownik w danym miesiącu nie uzyska wynagrodzenia w związku ze zmianą terminu wypłaty, to w ciągu roku podatkowego przy obliczaniu zaliczek na podatek dochodowy pracodawca nie zastosuje ulgi podatkowej i nie odliczy od przychodów pracownika kosztów za ten miesiąc. Pracownik w roku podatkowym, mimo że świadczył pracę we wszystkich miesiącach, otrzyma tylko 11 wypłat i płatnik uwzględni tylko 11 razy ulgę i koszty uzyskania przychodów.

W takiej sytuacji, wypełniając informację PIT-11, będącą dokumentem ułatwiającym pracownikowi (podatnikowi) sporządzenie poprawnego zeznania rocznego, należy ująć przychód faktycznie wypłacony w danym roku (a nie należny za dany rok) oraz ująć koszty uzyskania przychodu w wysokości faktycznie uwzględnionej przy poborze zaliczek na podatek.

W informacji PIT-11 pracodawca nie może wykazać wyższych kosztów niż te, które zastosował. Jeżeli wskutek przesunięcia terminu wypłaty w roku podatkowym pracownik otrzymał tylko 11 wypłat i płatnik uwzględnił tylko 11 razy koszty uzyskania przychodów, to w takiej wysokości powinien je wykazać w informacji.

Jak wynika z powyższej interpretacji, pracownik może wykazać koszty za 12 miesięcy w zeznaniu rocznym. Jeżeli nie uzyskał on w danym miesiącu przychodów ze stosunku pracy z przyczyn leżących po stronie zakładu pracy, np. w firmie przesunięto termin wypłaty, wówczas koszty uzyskania przychodu za ten miesiąc mimo wszystko są należne i w zeznaniu rocznym pracownik ma prawo je wykazać.

Podobnie będzie w przypadku, kiedy to pracodawca sporządza za pracownika roczne zeznanie podatkowe – PIT-40. Wtedy pracodawca-płatnik powinien uwzględnić koszty uzyskania przychodu w pełnej wysokości przysługującej pracownikowi w skali roku, czyli za 12 miesięcy. Trzeba pamiętać bowiem o zasadzie, że kosztami uzyskania przychodów są koszty poniesione w celu osiągnięcia przychodów lub zachowania albo zabezpieczenia źródła przychodów. W miesiącu, w którym nastąpiło przesunięcie wypłaty, pracownik faktycznie ponosił koszty związane z osiąganiem przychodów i mimo że otrzymał pensję (przychód) w późniejszym okresie, to przysługuje mu uwzględnienie kosztów uzyskania przychodu.