W piśmie z urzędu gminy organ określa, jaki okres jest objęty czynnościami kontrolnymi. Trzeba zatem przygotować dokumentację podatkową dotyczącą tego okresu, bo urzędnicy będą chcieli ją sprawdzić. W tym czasie należy przygotować się do właściwych czynności kontrolnych.

Po wszczęciu kontroli/postępowania urzędnicy sprawdzają firmową dokumentację. Mają prawo przyjechać do firmy i przeprowadzić oględziny nieruchomości czy nawet stosowne jej pomiary , aby zweryfikować czy przedsiębiorca właściwie wylicza powierzchnię podlegającą opodatkowaniu. Należy zadbać o uczestnictwo w czynnościach kontrolnych i odpowiednie udokumentowanie poprawności rozliczeń.

Po zakończeniu czynności urzędnicy wydają protokół kontroli albo decyzję, w której mogą zakwestionować wysokość podatku wpłaconego przez podatnika. Doręczony protokół kontroli należy dokładnie przeanalizować pod kątem przygotowania odpowiednich zastrzeżeń i wyjaśnień. Wydana decyzja kończy postępowanie i zastępuje deklarację podatnika.

Jeśli podatnik nie zgadza się z ustaleniami urzędników, które nakazują dopłatę podatku, to ma prawo odwołać się do organu administracyjnego II instancji, czyli Samorządowego Kolegium Odwoławczego. Odpowiednie przedstawienie argumentów i dowodów na ich poparcie, może przekonać organ odwoławczy do uchylenia niekorzystnej decyzji organu I instancji. Jeżeli SKO podtrzyma ustalenia urzędników, kolejnym krokiem jest wniesienie skargi do wojewódzkiego sądu administracyjnego. Na tym etapie istotna jest już nie tylko znajomość przepisów prawa materialnego, ale także procedury. Gdy i ta instancja wyda rozstrzygnięcie niekorzystne dla przedsiębiorcy, ostatnim możliwym krokiem jest wniesienie skargi kasacyjnej do Naczelnego Sądu Administracyjnego.