Ustawa wprowadza mechanizmy koordynacji programów współfinansowanych ze środków funduszy strukturalnych, Funduszu na rzecz Sprawiedliwej Transformacji i Funduszu Spójności. Określa również zasady i podstawowe dokumenty służące wdrażaniu funduszy strukturalnych, Funduszu na rzecz Sprawiedliwej Transformacji i Funduszu Spójności. W ustawie wprowadza się także szczegółowe przepisy dotyczące Krajowego Planu Odbudowy.

W projektowanej ustawie w art. 128 przewidziano, co istotne z punktu widzenia zamówień publicznych, dwie zmiany w przepisach PrZamPubl. Pierwsza polega na uchyleniu w art. 495 w ust. 1 w pkt 2 lit. e) PrZamPubl. Przepis ten dotyczy składu Komitetu do spraw Kontroli w Zamówieniach Publicznych. Oznacza to, że w wyniku zmiany w skład tego Komitetu nie będzie wchodził przedstawiciel wyznaczony przez instytucję audytową w rozumieniu przepisów dotyczących realizacji programów w zakresie polityki spójności.

Druga zmiana wprowadza nowe brzmienie w art. 596 w ust. 2 pkt 4 PrZamPubl. Tym samym organem kontroli według nowego przepisu będzie instytucja zarządzająca w rozumieniu przepisów dotyczących realizacji programów w zakresie polityki spójności oraz programów realizowanych z wykorzystaniem środków Europejskiego Funduszu Rolnego na rzecz Rozwoju Obszarów Wiejskich oraz funduszy wspierających sektory morski lub rybacki.

W uzasadnieniu do projektu ustawy podniesiono, że zmiany w przepisach PrZamPubl mają charakter porządkujący oraz mają na celu zapewnienie spójności z prawem UE. Dla przypomnienia, w przepisach działu XI rozdziału 1 (art. 596–602) PrZamPubl, ustawodawca zamieścił przepisy określające system organów kontroli zamówień publicznych oraz przepisy materialne normujące prawa i obowiązki tych organów oraz kontrolowanych zamawiających. Wśród organów kontroli zamówień publicznych, w treści art. 596 ust. 1 pkt 4 PrZamPubl, została wymieniona instytucja audytowa, o której mowa w art. 123 ust. 4 rozporządzenia Parlamentu Europejskiego i Rady (UE) nr 1303/2013. Projektodawcy zwrócili uwagę, że instytucja audytowa prowadzi audyt prawidłowości gospodarowania środkami pochodzącymi z UE, a nie kontrolę zamówień publicznych w rozumieniu przepisów PrZamPubl. Na gruncie krajowego porządku prawnego instytucję audytową wskazano w art. 13 ustawy z 11.7.2014 r. o zasadach realizacji programów w zakresie polityki spójności w perspektywie finansowej 2014–2020 oraz w ww. projekcie ustawy dla perspektywy finansowej 2021–2027. Jej rolę pełni Szef Krajowej Administracji Skarbowej. Zadania instytucji audytowej określone zostały m.in. w przepisach art. 127 wskazanego rozporządzenia (UE) nr 1303/2013 oraz w projekcie rozporządzenia UE dla nowej perspektywy finansowej. Instytucja audytowa zapewnia prowadzenie audytu prawidłowego funkcjonowania systemu zarządzania i kontroli programu operacyjnego, na podstawie stosownej próby operacji w oparciu o zadeklarowane wydatki. Wydatki te są poddawane audytowi na podstawie reprezentatywnej próby i co do zasady z wykorzystaniem statystycznych metod doboru próby. Wszelkie prace wykonywane przy prowadzeniu audytów środków unijnych, realizowane są z uwzględnieniem międzynarodowych standardów audytu. Metodologia (np. analizy ryzyka, testy, dobór próby, dobór zakresu podmiotowego i przedmiotowego) wynikają z wieloletniej praktyki i procedur ukształtowanych na gruncie przepisów i wytycznych KE.

Projektodawcy podkreślają, że przepisy prawne (unijne i krajowe) nie przewidują, aby instytucja audytowa mogła wytworzyć inne dokumenty, które byłyby formalnym udokumentowaniem jakichkolwiek innych działań, których charakter lub cel można uznać za kontrolę zamówień publicznych. Instytucja audytowa nie wydaje również wyniku kontroli w rozumieniu PrZamPubl. Nie jest zatem dopuszczalne zrównanie funkcji i zadań instytucji audytowej z funkcją organu kontroli zamówień publicznych. Należy odróżnić tryb prowadzonego postępowania przez instytucję audytową, czyli audyt od kontroli, której cel i zakres nie jest tożsamy. Audyt jest połączeniem wielu czynności materialno-technicznych, w tym m.in. badania zamówień publicznych jeżeli wystąpią i jest prowadzony przez instytucję audytową w celu uzyskania racjonalnego zapewnienia, że system zarządzania i kontroli funkcjonuje skutecznie, zapobiega błędom i nieprawidłowościom, wykrywa je i koryguje, a środki finansowe z UE wydatkowane są zgodnie z obowiązującym prawem i celami, na które zostały przeznaczone. Natomiast kontrola skupia się wyłącznie na sprawdzeniu zgodności postępowania o udzielenie zamówienia z przepisami PrZamPubl i jej celem jest wyłącznie porównanie stanu faktycznego u zamawiającego z takim, jaki powinien był zaistnieć zgodnie z przepisami PrZamPubl.

Z uwagi na to, że przepisy PrZamPubl zrównały powyższe odrębne od siebie tryby postępowania, co jest niezasadne, uznano, że należy zmienić obecne regulacje PrZamPubl celem zapewnienia prawidłowego wykonywania funkcji oraz zadań instytucji audytowej, zgodnie z prawem UE oraz międzynarodowymi standardami audytu.