Zmiany mają na celu również przeciwdziałanie odraczaniu lub unikaniu opodatkowania przy wykorzystaniu mechanizmu przesuwania dochodów do spółek zależnych zlokalizowanych w krajach o preferencyjnych systemach podatkowych.

Cel ten będzie realizowany za pomocą rozwiązania przewidującego opodatkowanie dochodów z kontrolowanych spółek zagranicznych. Projekt ustawy wprowadza również przepisy stanowiące doprecyzowanie już istniejących regulacji, eliminujące istniejące lub potencjalne wątpliwości związane z aktualnym brzmieniem oraz zakresem stosowania przepisów, których dotyczą.

Z uzasadnienia do projektu wynika, że nowelizacja przewiduje:
1) wprowadzenie przepisów dotyczących zasad i warunków opodatkowania dochodów zagranicznych spółek kontrolowanych;
2) wprowadzenie zasad ustalania wartości początkowej środków trwałych w spółce europejskiej, spółdzielni europejskiej oraz zakładzie zagranicznym położonym na terytorium RP;
3) wyłączenie prawa do korzystania ze zwolnienia od podatku, w przypadku wypłat dywidend i innych dochodów (przychodów) z tytułu udziału w zyskach osób prawnych podlegających odliczeniu w spółce wypłacającej (tzw. pożyczka partycypacyjna);
4) jednoznaczne wskazanie sposobu określenia wartości przychodów i kosztów świadczeń w naturze;
5) wprowadzenie rozwiązania polegającego na przesunięciu opodatkowania dochodu z tytułu wniesienia przez m.in. uczelnie wyższe, instytuty badawcze, a także osoby fizyczne (twórcy innowacyjni) do spółki wkładu niepieniężnego w postaci własności intelektualnej (np. patentu, praw autorskich, know-how) na okres 5 lat od dnia objęcia w ten sposób udziałów (akcji);
6) doprecyzowanie przepisów dot. niepodzielonego zysku;
7) zmianę przepisów w zakresie niedostatecznej kapitalizacji, w tym m.in. zamianę dotychczasowego współczynnika zadłużenia do kapitału zakładowego (3:1) współczynnikiem zadłużenia do kapitałów własnych podatnika (1:1) pomniejszonych o pożyczkę podporządkowaną, rozciągnięcie ich stosowania na powiązania pośrednie, pomniejszenie wysokości „zadłużenia” branego pod uwagę przy stosowaniu tych przepisów o wartość udzielonych pożyczek, a także wprowadzenie nowej, alternatywnej w stosunku do istniejącej metody zaliczania odsetek od pożyczek do kosztów uzyskania przychodów;
8) doprecyzowanie przepisów dotyczących cen transferowych i dokumentacji podatkowej z nimi związanej, wprowadzenie regulacji umożliwiającej dokonanie korekty krajowej oraz wyłączenia grup producentów rolnych i ich związków oraz producentów owoców i warzyw lub uznanej organizacji producentów owoców i warzyw z możliwości oszacowania dochodu przez organy podatkowe;
9) doprecyzowanie przepisów określających dochód wspólnika spółki osobowej, jaki powstaje w wyniku jego wystąpienia z takiej spółki, a także w wyniku likwidacji takiej spółki;
10) ujednolicenie stosowanych w ustawach o PDOFiz i o PDOPr definicji pochodnych instrumentów finansowych oraz momentu powstania przychodu z ich realizacji;
11) ujednolicenie przepisów PDOFiz i PDOPr w zakresie dotyczącym płatników zryczałtowanego podatku od dywidend i innych przychodów z tytułu udziału w zyskach osób prawnych, jak również wprowadzenie zasad stosowania certyfikatów rezydencji niezawierających okresu ważności;
12) uaktualnienie listy podmiotów wymienionych w załączniku nr 4 PDOPrU w związku z wejściem w życie dyrektywy Rady 2011/96/UE z 30.11.2011 r. sprawie wspólnego systemu opodatkowania mającego zastosowanie w przypadku spółek dominujących i spółek zależnych różnych państw członkowskich;
13) doprecyzowanie przepisów w zakresie obowiązków informacyjnych wprowadzonych na podstawie dyrektywy Rady 2003/48/WE z 3.6.2003 r. w sprawie opodatkowania dochodów z oszczędności w formie wypłacanych odsetek;
14) doprecyzowanie przepisów PDOFizU i PDOPrU w zakresie sposobu ustalenia kosztów uzyskania przychodów w przypadku umorzenia udziałów (akcji) otrzymanych w wyniku wymiany udziałów (akcji);
15) doprecyzowanie przepisów PDOFizU i ustawy o zryczałtowanym podatku dochodowym od niektórych przychodów osiąganych przez osoby fizyczne w zakresie ustalenia przychodów z odpłatnego zbycia składników majątku wykorzystywanych w działalności gospodarczej;
16) doprecyzowanie przepisów PDOFiz w zakresie opodatkowania kwot otrzymanych przez podmioty prowadzące pozarolniczą działalność gospodarczą od agencji wykonawczych, jeżeli agencje te otrzymały środki na ten cel z budżetu państwa;
17) wprowadzenie zwolnienia wynagrodzenia za ustanowienie służebności przesyłu;
18) zmianę przepisów dotyczących „wymiany udziałów”;
19) wprowadzenie sankcji karnej skarbowej za naruszenie obowiązku złożenia sprawozdania finansowego, opinii i raportu podmiotu uprawnionego do badania sprawozdań finansowych;
20) wprowadzenia przepisów zwalniających z opodatkowania podatkiem dochodowym świadczenia przyznanego stronie w wyniku uwzględnienia złożonej skargi na przewlekłość postępowania.

Większość zmian przewidzianych ustawą nowelizującą miałaby wejść w życie 1.1.2015 r.