Aby przedstawić ten problem, należy cofnąć się do brzmienia przepisu art. 113 ustawy z 11.3.2004 r. o podatku od towarów i usług (t.j. Dz.U. z 2011 r. Nr 177, poz. 1054 ze zm.; dalej: VATU) do dnia 31.12.2013 r.
Artykuł 113 ust. 11 VATU stanowił wówczas, że podatnik, który utracił prawo do zwolnienia od podatku lub zrezygnował z tego zwolnienia, może, nie wcześniej niż po upływie roku, licząc od końca roku, w którym utracił prawo do zwolnienia lub zrezygnował z tego zwolnienia, ponownie skorzystać ze zwolnienia określonego w ust. 1 tego artykułu (tzn. przekroczenie limitu sprzedaży 150 000 zł).
Od 1.1.2014 r. art. 113 VATU uległ zmianie i zgodnie z jego obecnym brzmieniem zwalnia się od podatku sprzedaż dokonywaną przez podatników, u których wartość sprzedaży nie przekroczyła łącznie w poprzednim roku podatkowym kwoty 150 000 zł. Do wartości sprzedaży nie wlicza się kwoty podatku. Podatnik, który utracił prawo do zwolnienia sprzedaży od podatku lub zrezygnował z tego zwolnienia, może, nie wcześniej niż po upływie roku, licząc od końca roku, w którym utracił prawo do zwolnienia lub zrezygnował z tego zwolnienia, ponownie skorzystać ze zwolnienia określonego w art. 113 ust. 1 VATU.
Przykładowo w wyroku z 24.9.2014 r., sygn. akt I FSK 1463/13 Naczelny Sąd Administracyjny orzekł, że „Ustawodawca nie wprowadził dodatkowego warunku w postaci ponownego skorzystania ze zwolnienia w pierwszym okresie rozliczeniowym następującym po roku podatkowym, w którym podatnik nie przekroczył limitu sprzedaży. Wyznaczył jedynie początkowy moment, od którego podatnik może ponownie skorzystać ze zwolnienia. Objęcie zwolnieniem może mieć zatem miejsce od początku dowolnego miesiąca, następującego po wyznaczonym w art. 113 ust. 11 VATU okresie karencji”.
Zatem podatnik, który utracił prawo do zwolnienia od podatku lub zrezygnował z tego zwolnienia, mógł na podstawie powołanego przepisu, ponownie skorzystać z tego zwolnienia, jeżeli upłynął rok, licząc od końca roku, w którym utracił prawo do zwolnienia lub zrezygnował z tego zwolnienia, przy czym podatnik miał prawo do powrotu do zwolnienia od początku dowolnego miesiąca w trakcie roku podatkowego, o ile zostały spełnione pozostałe przesłanki ponownego skorzystania ze zwolnienia, tzn.: wartość sprzedaży nie przekroczyła u podatnika w poprzednim roku podatkowym kwoty, o której mowa w art. 113 ust. 1 VATU [150 000 zł – przyp. red.], i nie zachodziły przypadki wyłączające stosowanie zwolnienia, o których mowa w art. 113 ust. 13 VATU oraz w przepisach wydanych na podstawie ust. 14 [uchylony 1.1.2014 r. – przyp. red.] tego artykułu.
W przypadku gdy podatnik zdecydował się na ponowne skorzystanie ze zwolnienia w trakcie roku podatkowego musiał zostać również spełniony warunek, że do końca miesiąca poprzedzającego miesiąc, od którego podatnik zamierzał ponownie skorzystać ze zwolnienia nie została przekroczona wartość sprzedaży, o której mowa w art. 113 ust. 1 VATU [150 000 zł – przyp. red.].
Minister Finansów podkreślił, że mimo zmiany przepisów art. 113 VATU wskazane wyżej stanowisko w kwestii terminu powrotu do zwolnienia przez podatników, którzy utracili prawo do zwolnienia od podatku lub zrezygnowali z tego zwolnienia nie uległo zmianie po 31.12.2013 r. i jest aktualne.