Wiceprezes jednej ze spółek został odwołany ze stanowiska przed końcem kadencji. Zgodnie z umową należało mu się z tego tytułu odszkodowanie i takie też zasądził dla niego Sąd Okręgowy. Spółka z o.o., zgodnie z wyrokiem, wypłaciła odwołanemu prezesowi ponad 300 tys. złotych odszkodowania, pomniejszone jednak o zaliczkę na podatek dochodowy w kwocie ok. 50 tys. złotych. Uważała, że jest to „należność ze stosunku pracy, służbowego, spółdzielczego i z pracy nakładczej (…)”, powołując się przy tym na art. 21 ust 1 pkt 3 lit g ustawy z 26.7.1991 r. o podatku dochodowym od osób fizycznych (t.j. Dz.U. z 2016 r. poz. 2032 ze zm., dalej: PDOFizU).
Mężczyzna złożył skargę do naczelnika urzędu skarbowego twierdząc, że kwota, którą dostał od spółki ma charakter odszkodowawczy (kara umowna) i wobec tego korzysta ze zwolnienia z podatku dochodowego na podstawie art. 21 ust. 1 pkt 3b PDOFizU.
Naczelnik urzędu skarbowego odmówił stwierdzenia nadpłaty podatku, bo jak stwierdził: wyrok SO zapadł w sprawie świadczenia zagwarantowanego skarżącemu w umowie o pracę – obowiązek wypłaty odprawy wynikał wprost z umowy o pracę, a nie z przepisów prawa.
Sprawa trafiła w końcu do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego (WSA) w Gdańsku, który orzekł, że zaliczka na podatek dochodowy została pobrana przez spółkę prawidłowo, uznał jednak, że inna powinna być kwalifikacja wypłaconej kwoty – jako przychód z działalności wykonywanej osobiście (art. 13 pkt 7 w zw. z art. 10 ust. 1 pkt 2 PDOFizU). Nie można tej wypłaty zakwalifikować jako odszkodowania i w związku z tym nie korzysta ona ze zwolnienia z podatku dochodowego.
Sprawa trafiła w końcu do NSA, który rozstrzygnął, że pieniądze otrzymane przez Skarżącego nie korzystają ze zwolnienia z podatku dochodowego. Uzasadniając swoje orzeczenie NSA powołał się m.in. na wyrok Sądu Najwyższego z 6.9.2005 r. (sygn. I PK 10/05) – takie pieniądze to przychód z działalności wykonywanej osobiście i nie może być, w związku z tym, uważany za element umowy o pracę. Sporne świadczenie, zdaniem NSA, jest opodatkowane na zasadach ogólnych. Wyrok jest prawomocny.