W odniesieniu do zamówień publicznych istotne znaczenie ma rozdział 6.5 Wytycznych – „Zamówienia udzielane w ramach projektów”, określający reguły udzielania zamówień wyłączonych ze stosowania przepisów ZamPublU, ale współfinansowanych ze środków unijnych w ramach ww. programów operacyjnych.

Najistotniejsze zmiany przewidziane w nowych Wytycznych w stosunku do dotychczasowych dotyczą:

  1. rezygnacji z obowiązku aktualizacji szacowania wartości przedmiotu zamówienia przed wszczęciem postępowania, 
  2. odbiurokratyzowania rozeznania rynku,
  3. dopuszczenia możliwości zastąpienia rozeznania rynku – zasadą konkurencyjności w przypadku zamówień o wartości od 20 000 zł netto do 50 000 zł netto włącznie,  
  4. dopuszczenia możliwości podpisywania umów z wykonawcami w wersji elektronicznej (kwalifikowany podpis elektroniczny).

Na szczególną uwagę zasługują postanowienia w zakresie udzielania zamówień na podstawie zasady konkurencyjności, tj. w zamówieniach o wartości wyżej niż 50 000 zł netto i nieprzekraczającej 30 000 euro (przez beneficjentów będących tzw. zamawiającymi klasycznymi). Wymaga się od beneficjentów, aby informację o wyniku postępowania upublicznić w taki sposób, w jaki zostało upublicznione zapytanie ofertowe. Informacja o wyniku postępowania powinna zawierać nie tylko co najmniej nazwę wybranego wykonawcy, ale także jego siedzibę oraz cenę zamówienia. Na wniosek wykonawcy, który złożył ofertę, należy udostępnić wnioskodawcy protokołu protokół postępowania o udzielenie zamówienia, z wyłączeniem części ofert stanowiących tajemnicę przedsiębiorstwa.

Po przeprowadzeniu procedury zgodnie z zasadą konkurencyjności zawarcie umowy z wykonawcą następuje w formie pisemnej lub elektronicznej (wraz z kwalifikowanym podpisem elektronicznym). W przypadku, gdy zamawiający dopuszcza składanie ofert częściowych, postępowanie może zakończyć się zawarciem umowy na część zamówienia. Jeżeli wybrany wykonawca odstąpi od zawarcia umowy z zamawiającym, zamawiający zawiera umowę (dotychczas mógł zawrzeć tj. decyzja należała do niego) z kolejnym wykonawcą, który w postępowaniu o udzielenie zamówienia uzyskał kolejną najwyższą liczbę punktów.