Miasto powołało zakład budżetowy zgodnie z art. 16 ust. 1 ustawy z 27.8.2009 r. o finansach publicznych (t.j. Dz.U. z 2013 r. poz 885, ze zm). Zakład jest gminną jednostką organizacyjną, która nie posiada osobowości prawnej, ale realizuje zadania własne miasta. Zakład jest zarejestrowanym podatnikiem podatku dochodowego od osób prawnych (dalej: CIT) oraz podatku od towarów i usług (dalej: VAT).

Minister Finansów wydał komunikat, że zgodnie z uchwałą NSA (sygn. I FPS 4/15) gminne zakłady budżetowe zostaną objęte centralizacją rozliczeń VAT przez jednostki samorządu terytorialnego. Wszystkie dokumenty związane z rozliczeniami VAT będą zawierać NIP miasta. Według komunikatu zakład wyrejestruje się jako podatnik VAT, a wszystkie dokumenty związane z podatkiem CIT będą miały zawierać NIP miasta. Tak też miało się stać w przypadku zakładu budżetowego, który złożył wniosek o interpretację do Dyrektora Izby Skarbowej.

Zakład budżetowy stanął na stanowisku, że nawet po „scentralizowaniu” rozliczeń w sprawie VAT, nie ulegnie zmianie dotychczasowy sposób rozliczania CIT – zakład budżetowy powinien rozliczać podatek dochodowy, posługując się swoim NIP.

Wnioskodawca stwierdził, że zmiana rozliczeń VAT nie ma wpływu na zasady rozliczania podatku CIT, więc dotychczasowy sposób rozliczania podatku CIT przez zakłady nie ulegnie zmianie.

Jak stanowi art. 2 ust. 1 ustawy z 13.10.1995 r. o zasadach ewidencji i identyfikacji podatników i płatników (t.j. Dz.U. z 2012 r. poz. 1314 ze zm., dalej: NIPU) „osoby fizyczne, osoby prawne oraz jednostki organizacyjne niemające osobowości prawnej, które na podstawie odrębnych ustaw są podatnikami, podlegają obowiązkowi ewidencyjnemu.”

Dyrektor Izby Skarbowej w Katowicach stwierdził, że zgodnie z art. 3 ust. 1 NIPU identyfikatorem podatkowym jest numer NIP. Ponadto, art. 11 ust. 1 NIPU stwierdza, że podatnicy są obowiązani podawać identyfikator podatkowy na dokumentach związanych z wykonywaniem zobowiązań podatkowych. Nie może być tak, że dwa różne podmioty posiadają ten sam numer NIP – w przypadku takiej sytuacji unieważnia w drodze decyzji nadanie numer NIP (art. 8c ust. 2 pkt 1 NIPU). Nie może być tak, że jeden numer NIP jest nadany dwóm podmiotom, z których jeden jest podatnikiem VAT, a drugi CIT.

Dyrektor Izby Skarbowej uznał stanowisko wnioskodawcy za prawidłowe. Odnosząc się do wniosku stwierdził, że: „W odniesieniu do powyższego należy stwierdzić, że jeżeli Zakład budżetowy na gruncie przepisów o podatku dochodowym od osób prawnych pozostaje odrębnym podatnikiem to powinien na potrzeby tych rozliczeń posługiwać się swoim odrębnym NIP”.