Najwięcej kontrowersji wywołują następujące propozycje zmian:
- Ustawodawca zaproponował kontrolę spółek z udziałem jednostek samorządu terytorialnego, do których te drugie przenoszą wykonanie zadań publicznych. Spółki te odgrywają coraz ważniejszą rolę w wykonywaniu zadań publicznych. Nie mając potencjału finansowego, są jednak zmuszone zaciągać kredyty . Samorządy corocznie podwyższają kapitał spółek, by te mogły spłacać ten dług.
- Kolejna zmiana dotyczy narzędzi oceny gospodarki finansowej. Do kryterium legalności, na podstawie którego izby pracują obecnie, dodano kryterium gospodarności. Projekt dopuszcza go do stosowania w kontroli kredytów, pożyczek lub umów nienazwanych o terminie dłuższym niż rok, związanych z finansowaniem usług, dostaw i robót budowlanych. Regionalna Izba Obrachunkowa oceni więc, czy dług zaciągnięty przez gminę spełnia oba kryteria.
- Kontrolowane mają być też udzielane przez samorządy poręczenia i ulgi w opłatach i podatkach.
Pozostałe propozycje nie wywołują już takich emocji. Chodzi m.in. o wprowadzenie dwuetapowej procedury nadzorczej uchwały budżetowej. Do tej pory RIO badały tylko uchwały budżetowe. Teraz nadzorem zostanie objęta także uchwała zmieniająca budżet. Proponuje się też dwuetapowy nadzór nad uchwałami w sprawie wieloletniej prognozy finansowej i jej zmiany.