Preferencyjne opodatkowanie dochodów generowanych przez prawa własności intelektualnej (Innovation Box) polega na obniżeniu poziomu opodatkowania do 5% dochodu uzyskiwanego z praw własności intelektualnej (tzw. kwalifikowane prawa własności intelektualnej).

Kwalifikowanymi prawami własności intelektualnej są:

patent, prawo ochronne na wzór użytkowy, prawo z rejestracji wzoru przemysłowego, prawo z rejestracji topografii układu scalonego, dodatkowe prawo ochronne dla patentu na produkt leczniczy lub produkt ochrony roślin, prawo z rejestracji produktu leczniczego i produktu leczniczego weterynaryjnego dopuszczonych do obrotu, prawo z rejestracji nowych odmian roślin i ras zwierząt, autorskie prawo do programu komputerowego – podlegające ochronie prawnej na podstawie przepisów odrębnych ustaw lub ratyfikowanych umów międzynarodowych, których stroną jest Polska, oraz innych umów międzynarodowych, których stroną jest UE, których przedmiot ochrony został wytworzony, rozwinięty lub ulepszony przez podatnika w ramach prowadzonej przez niego działalności badawczo-rozwojowej.

Warunkiem koniecznym dla skorzystania z preferencji jest wymóg prowadzenia przez podatnika działalności badawczo-rozwojowej bezpośrednio związanej z wytworzeniem, komercjalizacją, rozwojem lub ulepszeniem kwalifikowanego prawa własności intelektualnej. Ponadto warunkiem skorzystania z preferencyjnej stawki podatku jest wyodrębnienie dochodu jej podlegającego w księgach rachunkowych. Wszystkim podatnikom korzystającym z Innovation Box przysługuje prawo do preferencji podatkowej do czasu wygaśnięcia danego prawa, np. w przypadku patentu na wynalazek przez 20 lat.

Przepisy przewidują odpowiedni wzór , bowiem wysokość kwalifikowanego dochodu z kwalifikowanego prawa własności intelektualnej ustala się jako iloczyn dochodu z kwalifikowanego prawa własności intelektualnej osiągniętego w roku podatkowym i wskaźnika obliczonego według wzoru:

w którym poszczególne litery oznaczają koszty faktycznie poniesione przez podatnika na:

a – prowadzoną bezpośrednio przez podatnika działalność B+R związaną z kwalifikowanym prawem własności intelektualnej,

b – nabycie wyników prac badawczo-rozwojowych związanych z kwalifikowanym prawem własności intelektualnej, innych niż wymienione w lit. d, od podmiotu niepowiązanego,

c – nabycie wyników prac badawczo-rozwojowych związanych z kwalifikowanym prawem własności intelektualnej, innych niż wymienione w lit. d, od podmiotu powiązanego,

d – nabycie przez podatnika kwalifikowanego prawa własności intelektualnej.

Do kosztów nie zalicza się kosztów, które nie są bezpośrednio związane z kwalifikowanym prawem własności intelektualnej, w szczególności odsetek, opłat finansowych oraz kosztów związanych z nieruchomościami.

Dochodem (stratą) z kwalifikowanego prawa własności intelektualnej jest dochód (strata) z pozarolniczej działalności gospodarczej w zakresie, w jakim został osiągnięty:

1) z opłat lub należności wynikających z umowy licencyjnej, która dotyczy kwalifikowanego prawa własności intelektualnej;

2) ze sprzedaży kwalifikowanego prawa własności intelektualnej;

3) z kwalifikowanego prawa własności intelektualnej uwzględnionego w cenie sprzedaży produktu lub usługi;

4) odszkodowania za naruszenie praw wynikających z kwalifikowanego prawa własności intelektualnej, jeżeli zostało uzyskane w postępowaniu spornym, w tym postępowaniu sądowym albo arbitrażu.