Pierwszym zagadnieniem, którym zajął się Trybunał było rozumienie pojęcia „pierwszego zasiedlenia”. Trybunał wskazał, że „pierwsze zasiedlenie”, o którym mowa w art. 2 pkt 14 VATU zdefiniowane zostało w sposób sprzeczny z Dyrektywą 2006/112/WE. Pierwsze zasiedlenie nie musi być bowiem, jak twierdziły organy podatkowe, związane z czynnością opodatkowaną, gdyż nie wynika to z przepisów Dyrektywy. W przypadku gdy np. podatnik najpierw zasiedli budynek dla własnych potrzeb, a następnie dokona jego sprzedaży to może do niego mieć zastosowanie zwolnienia z VAT, o którym mowa w art. 43 ust. 1 pkt 10 VATU.
Zatem wszystkie budynki używane (te, których okres używania trwał dłużej niż dwa lata od wybudowania bądź istotnej modernizacji) będą mogły być zwolnione z VAT niezależnie od tego czy ich poprzednia dostawa była czynnością podlegającą opodatkowaniu VAT oraz czy ich wykorzystanie następowało w wykonaniu czynności podlegającej opodatkowaniu.
Kryterium „poniesienia wydatków na ulepszenie”
Drugie zagadnienie, do którego odniósł się Trybunał związane było z wprowadzeniem przez polskiego ustawodawcę kryterium poniesienia wydatków na ulepszenie w wysokości co najmniej 30% wartości początkowej, które jest warunkiem ponownego pierwszego zasiedlenia budynku (art. 2 pkt 14 lit. b VATU).
Pojawiła się bowiem wątpliwość czy warunek ten odpowiada pojęciu „przebudowa”, o którym mowa w art. 12 Dyrektywy 2006/112/WE, w wyniku której budynek powinien być traktowany dla celów opodatkowania VAT tak samo jak budynek „nowy”. W tym zakresie Trybunał nie uznał polskich przepisów za niezgodne Dyrektywą 2006/112/WE. Jednak zwrócił uwagę na różnicę pomiędzy kryterium stosowanym w prawie krajowym i w dyrektywie. W świetle art. 12 ww. Dyrektywy okolicznością, która powoduje opodatkowanie dostawy budynków, jest „przebudowa”, w wyniku której następuje taka zmiana budynku, że „dany stary budynek może zostać przyrównany do nowego budynku”. Pojęcie „ulepszenie” powinno więc być interpretowane, zdaniem Trybunału, tak jak „przebudowa”. W konsekwencji, krajowa regulacja może być uznana za zgodną z Dyrektywą 2006/112/WE, jeżeli „ulepszenie” będzie interpretowane w taki sam sposób jak „przebudowa” w świetle Dyrektywy.